実態と合わない就業規則ですが、有効になりますか?

以前作った就業規則で、書いている内容と現実の運用と全く違うケースがあります。
rule
ひどい場合は
所定労働時間から違うこともあります。
規則上は、 9:00 から 18:00 となっていますが、
実際は、 8:00 から 17:30 だったり・・・

お休みが異なるケースも見たことがあります。

他にも手当だったり、休暇だったり、
いろいろなケースを目撃したことがあります。

さて、その場合は、実態とルール(規則)
どちらが有効になるのでしょうか?

労働基準法 第92条

就業規則は、法令又は当該事業場について適用される労働協約に反してはならない。
行政官庁は、法令又は労働協約に牴触する就業規則の変更を命ずることができる。

労働契約法 第12条

就業規則で定める基準に達しない労働条件を定める労働契約は、その部分については、無効とする。この場合において、無効となった部分は、就業規則で定める基準による。

以上のことからわかるように、
就業規則に違反するような労働契約は結べず、違反したものは、無効となります。

つまり、
労働条件通知書等で、就業規則と異なるような契約をする、
もしくは
実態が規則と異なる場合は、
就業規則のほうが優先されて適用されると言う事です。

ちなみに、
ルールにないものについて、
労使慣行と言って、過去の実績や慣行があれば、それがあたかもルールであるように取り扱われることになります。